“过去30多年化肥施用太多，一方面出现了土壤酸化、养分不平衡、土壤生物活性下降等问题。”南京农业大学原副校长沈其荣说,“另一方面，我国化肥利用率只有35%左右，与世界45%左右的平均水平差距较大。”长期单施大量元素肥，不仅使农田生态环境、土壤的理化性状以及微生物群落受到不同程度的破坏，还使作物病虫害增多，增加了农业生态环境的潜在污染。    

有机肥的使用也一直是短板，用好有机肥能够最大限度地调理土壤结构，增加土地肥力，养护作物生长环境，土壤“胃病”治好了，作物营养吸收也就好了。如在年收获10~12次的小白菜种植基地，在种植之前施入大量有机肥，可疏松土壤，提高保水保肥能力，使根系快速生长。

生物菌肥能够促进作物对营养元素的吸收，增加土壤肥力，刺激和调控作物生长，增强作物抗逆和抗病能力。生物菌肥中的微生物能将原来的废弃物如人畜粪便、秸秆甚至污染物发酵后变成具有活性的多功能高效肥料。    

生物菌肥在实际的销售和推广中面临着难题，部分农户没有意识到生物菌肥的作用，在选择产品方面也比较盲目，加上市场统一标准还未建立，生物菌肥难以发挥出其对土壤健康的“保健作用”，农民应根据土壤的实际情况选择是否施用。如在黄瓜定植前，菜农一般会施入大量的农家肥，但冬季温度低，会严重影响有机肥的分解和利用。通过施入生物菌肥，土壤中农家肥可以加速分解和利用，丰富土壤中微生物的种类，提高微生物的活性。

中微量元素肥的用量远小于大元素化肥，但两者的作用却同等重要，其用量过多或过少，都会影响作物的“身体”健康。作物对中微量元素的需求，有些可以从水分、土壤等自然生长环境中获取，但更需要人工适量增施。

中国农科院研究员张淑香指出，适量的钙可提高细胞壁的稳定性，抵御病原菌入侵；铁可以减轻马铃薯枯萎病和苹果黑腐病等多种病害的发生；锰与其他微量营养元素合理搭配，会显著增加植物抗逆性。中微肥能够以极少量的投入补齐作物生长的元素短板，提高肥料的利用率，帮助农民增产。如在柑橘地块实施秋冬季地下补充中微量元素的方案，方案以钙镁硼为主，同时加入钙镁磷肥调节土壤酸性，可以明显改善果树缺素现象，大大减少次果率。

冬施肥的终极目的是给土壤和作物补充养分，对土壤中上一年或者上一季消耗的养分进行补充，满足下一季作物生长的需求。长期的农业生产实践和理论研究表明，不同作物或同一作物的不同生育阶段，对养分种类和数量的需求是不同的。而专用肥就是根据土壤测定、气候条件、施肥习惯和作物养分吸收规律而确定的，为作物提供全面均衡的营养元素，使之既不过多也不过少，确保提高肥料利用率，减少化肥对土壤和作物的不利影响。

在北方，常见的专用肥有苹果、马铃薯、小麦、玉米、葡萄、猕猴桃、石榴等作物专用肥及套餐方案，南方则主要有柑橘、香蕉、水稻、蔬菜、茶叶等作物专用肥及套餐方案。